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Abortions in horses represent an important health and economic challenge for the equine industry. Infectious abortions are caused in most cases by bacterial infections, followed by viruses, fungi, and parasites. EHV-1, EAV and zoonotic pathogens are the main causes of infectious abortion in horses and require increased attention to prevent their spread. New abortive pathogens (such as Leptospira, Neospora caninum, Coxiella burnetii, Chlamydophila abortus, etc.) have been confirmed in equids in comparison with pathogens already known to be abortive in human or other species. Despite an increasing number of necropsy and the ongoing improvement of diagnostic, management, and surveillance tools, 20 to 40% of the causes of equine abortion remain unknown, depending on the country. To increase the probability of a definitive diagnosis in cases of abortion and stillbirth in horses, new diagnostic approaches are needed, which the latest generation of sequencing tools make possible.

Les avortements chez les chevaux représentent un défi sanitaire et économique important pour l’­industrie équine. Les avortements infectieux sont causés dans la plupart des cas par des infections bactériennes, suivies par des virus, des champignons et des parasites. L’HVE-1, le VAE et les agents pathogènes zoonotiques sont considérés comme la principale cause d’avortement infectieux chez les chevaux et requièrent une attention accrue pour prévenir leur propagation. De nouveaux pathogènes abortifs (comme Leptospira, Neospora caninum, Coxiella burnetii, Chlamydophila abortus, etc.) ont été confirmés chez les équidés par comparaison avec des pathogènes déjà connus pour leurs propriétés abortives chez l’Homme ou chez d’autres espèces. Malgré un nombre croissant d’autopsies et l’­amélioration continue des outils de diagnostic, de gestion et de surveillance, 20 à 40 % des causes d’avortement équin restent inconnues selon les pays. Pour augmenter la probabilité d’un diagnostic définitif dans les cas d’avortement et de mortinatalité chez les chevaux, de nouvelles approches diagnostiques sont nécessaires que les outils de séquençage de dernière génération permettent d’envisager.